EC-CubeのURLは、
/opt/eccube-2.4.3/data/install.php
に変数が設定されています。 同ファイル内の、
define (‘SITE_URL’, ‘http://163.43.XXX.XXX/eccube/’);
define (‘SSL_URL’, ‘http://163.43.XXX.XXX/eccube/’);
のIPアドレス部分にドメイン名を記入すると、URLの表記を変更できます。